虽然多学科研究对中国古代哲学思想和与中医学相关的某些问题作了一些较深入的探讨，但目前中医理论界对古代哲学思想在中医学中的地位的认识，还停留在一个表浅的层次。这主要表现在以下几个方面：

　　①认为中国古代的哲学思想是过时的东西，对中医学的发展和创新没有什么现实意义。实际上，整体思想将一直是指导我们对中医学理论的研究，我们对中医学理论的创新和发展，也必须在整体观念的指导下进行，因整体思想反映了中医学理论的特色。

　　②与上述正相反，过份强调中国古代哲学思想对中医学的影响和在中医学中的地位，似乎离开了古代哲学的精气、阴阳、五行，中医学就没有理论，就构不成理论体系，也就不成为中医学。此种认识忽视了中医学自身所固有的理论和概念，如精、气、血、津液、藏象、经络等，因而也不重视中医学这些固有理论的继承、研究和创新。因此，我们要强化这样一种认识，即中医学首先是“医学”，属于自然科学，是有关人体生命、健康和疾病的防治的科学，不是“古代哲学”，也不是“易学”。中医学与中国古代哲学不属同一个学科范畴，我们不应该将它们硬性“统一”在一起，也不应该强把中医学的固有概念和理论融入古代哲学之中，而是应该将中医学的固有概念和理论与古代哲学的相应概念和理论相分离，构建中医学自己的能反映其特色的理论体系，并将古代哲学思想作为对中医学理论体系构建具有渗透和影响的思维方法来认识。

　　③混淆古代哲学与中医学两种不同学科范畴的某些概念，如认为中医学范畴的精气的概念同于古代哲学范畴的精气的概念，中医学的人体内的元气的概念同于古代哲学所说的元气的概念等。这些不恰当的认识也阻碍着对中医学理论的正确合理的继承，因为中医学某个概念和某种理论在其确切内涵没有明确之前，即便是继承下来，也是一种不确切的概念，一种没有意义的理论。因而就此种意义上来说，对中医学某些理论和概念的恰当合理的继承本身就是一种创新。

　　④误认为中医学的某些理论概念来源于古代哲学的相应概念。如认为中医学的精气的概念来源于中国古代哲学的精气的概念等。实际上，中医学的基本理论和概念，都有其自身固有的来源，并非是来源于古代哲学的认识，相反，古代哲学的主要思想，如精气等学说，都是在得到中医学的有关认识的基础上发展起来的，如中医学的对精和气来源的认识，是古代哲学精气学说产生的土壤。

　　⑤过分强调整体观念和宏观思路，在导向上影响了对中医学自身固有理论的细微研究的开展和深入，妨碍了中医学概念和理论的创新。

　　3.以明确中医学固有的基本理论和概念的内涵为继承性研究之目标

　　藏象、经络、精神气血津液、病因病机和防治等理论，是中医学固有的基本理论，而精气、阴阳、五行诸学说是对中医学有重要影响的古代哲学思想，不属中医学的基本理论。中医理论工作者，应下大功夫对中医学的基本理论和概念作一系统的研究，明确其基本内涵。这是中医基础理论的继承性研究应达到的基本目标。当然，中医学基本理论和概念的内涵的确立，应建立在充分掌握和分析有关该理论和概念的几乎所有文献资料的基础上。文献资料掌握得越全面，得出的结论就越可信。但决不是一些文献资料的堆积和列举，而应下一番比较分析的功夫，去粗存精，去微存真，从杂乱的材料中归纳能反映该理论和概念之本质的内涵和外延。

　　如对肺行水理论的研究，首先要明确肺行水理论的基本内涵。经过对文献资料与临床实践的研究分析，发现肺行水概念的内涵主要有两个方面：①通过肺气的宣发和肃降运动，调节肺脏本身水液的输布。这一作用与肺的呼吸功能密切相关。若肺的这一作用失调，则可导致脾转输到肺的水液不能正常的布散，聚而为水饮。水饮蕴积肺中，阻塞气道，则影响气体交换，一般都有咳喘逆气的表现，甚则“不能正偃，正偃则咳甚”，一般称为“支饮”或“伏饮”。如中医说的“肺胀”、“哮喘”等病，其病机多是水饮蕴肺。病情进一步发展，可致全身水肿，并能影响它脏的功能而使病情复杂化。②通过肺气的推动和气化作用，调节肺系统（尤其是皮毛）之水液的代谢。这一作用与肺的呼吸功能一般无明显的相关性。肺之所以能调节肺系统的水液的代谢，依赖于肺气能“输精于皮毛”，并宣发卫气于皮毛以控制腠理的开阖和汗液的排泄的作用。肺气的这一功能失调，则致肺系统的水液代谢紊乱。汗出当风，水液停积于皮下，则发为“风水”。如《素问。水热穴论》说：“勇而劳甚则肾汗出，肾汗出逢于风，内不得入于藏府，外不得越于皮肤，客于玄府，行于皮里，传为浮肿。本之于肾，名曰风水。”就《内经》所论，风水病的发生主要与肾有关，故又名“肾风”，而与肺本没有直接的关系。但由于肺与皮毛相合，风邪由皮毛侵袭而水停于皮下，因而发为风水，故说其与肺有关。因此，肺能调节肺系统水液代谢概念的产生，无疑源于肺与皮毛相合的推理。