古人为了探求人体生命的奥秘及生命活动与自然环境的关系，先后采用了两种不同的观察方法，即直接观察法和整体观察法。

　　直接观察法，就是采用解剖方法直接观察人体。早在原始公社时代，人们通过宰杀动物和战争中掠来的俘虏，对动物和人体内部器官有了最早的观察和了解。这是解剖学的起始，也是人类认识自身的开端。随着人类知识的发展以及治疗疾患的需要，人们对人体内脏的观察逐渐变为比较自觉的认识活动，并把解剖尸体作为认识人体的一条重要途径，如《灵枢·经水》就有“其死可解剖而视之，其藏之坚脆，府之大小，谷之多少，脉之长短，血之清浊……皆有大数”的记载。通过尸体解剖，人们不但了解了某些脏器的形态，而且还认识了它们的某些功能。如通过对整个消化道的解剖观察，不但了解了整个消化道的长度、容量——食道与肠道的长度比为1:35（现代解剖为1:37），胃容纳水谷三斗五升，而且在一定程度上认识了胃肠道的消化功能及其对机体生命活动的意义。在解剖方法的帮助下，《内经》提出了“心主血脉”的见解，认识到血流全身，全赖心脏的搏动。另外，通过解剖还发现了肺、脾、肝、肾、膀胱、胆、脑、女子胞等脏器及其各自所处的位置、相互连接的情况和与外在器官的联系，如认识到肺主呼吸，外通于喉、鼻等。

　　尽管我国当时的解剖知识居世界领先地位，但只靠直观的解剖方法得到的知识，显然远不能解释当时医疗实践积累起来的宝贵经验，也不可能对更为复杂的生命现象如思维、情绪等作出明确的说明。人们只得寻找另外的方法认识人体，这就是整体观察法。

　　整体观察法，是把活着的人作为一个整体进行观察，通过分析人体对不同的环境条件和外界刺激的不同反应，结合已有的解剖知识，并运用阴阳五行理论进行推理，从而认识人体生理病理规律的一种方法。

　　人体是一个内外统一的整体，体内脏腑的生理病理变化可反映于外，而观察人体外在的生理病理征象，必然可以推知体内脏腑的变化。人们通过长期的临床观察，逐渐认识到每一类疾病发作时，总有大致相同的一组症状同时出现，而这一组症状与人体外表的一定部位和器官相联系，又与人体内脏的一定生理功能被破坏有关。在治疗时，又可观察到某类药物或某组穴位对某一组症状有较特异的疗效，逐渐摸索出规律性。如出现气喘、鼻塞、咳嗽、胸闷等症状，是由于呼吸功能失常所致，而肺司呼吸，故这类病症属肺的功能失常所致。用一组特定穴位（如少商、鱼际等）或辛味药（如麻黄、桂枝等）来治疗，就可取得较好的疗效。如此经过无数次的反复实验，便得出了“五脏分证”的规律，如《素问·藏气法时论》所说“肝病者，两胁下痛引少腹，令人善怒……；心病者，胸中痛……；脾病者，身重，善肌肉痿……；肺病者，喘咳逆气，肩背痛……；肾病者，腹大胫肿……”。所谓“五脏分证”，实际上就是把某一组在某一定部位和器官出现的特定症状，归结为五脏中某一脏的功能失调，把活的机体外部呈现的生理病理征象与内部的脏器统一起来。在治疗时，调理这一脏的生理功能，就能治愈疾病，提高医疗效果。随着认识的深入，人们在研究外部征象与内在脏器统一关系的同时，又研究了各脏器之间的关系，对各个脏器之间的联系又有了更多的认识。经过无数次的观察和反复验证，到了《内经》时代，终于总结出一套以五脏为中心的藏象理论。

　　古人在砭刺治病过程中，逐渐发现了针感传导路线。这是建立经络学说的主要依据。随着古人对针感方向和循行路线的总体观察及藏象理论的确立，人们便认为脏腑之间、脏腑与体表组织官窍之间必有一定的联系通道，于是把已发现的砭刺传感路线与内在脏腑一一联系，构成了十二经脉的循行。其后，随着认识的不断深入，关于奇经八脉、十二经别、十二经筋、十二皮部、十五别络的认识也先后产生，经络学说便逐渐形成。经络学说的形成，对认识脏腑之间、脏腑与体表体组织之间的联系起到了很大的推动作用，加深了对人体自身整体性的认识。