在随后的300年间，王朝更迭频繁，经历了阿里王朝、萨迦王朝等，每一阶段在医学上都有一定成就。

　　阿里王朝时，从盂加拉迎请高僧阿狄夏入藏传授佛法。他带来大量佛经的同时，也带来了许多医学著作。如印度吠陀医学的重要医著《八支心要集》及其注释本《月光》，从而进一步促进了藏印医学的交流。

　　阿里王朝弘扬佛法的做法，在政治局势逐渐稳定的情况下，产生了积极的影响。在灭佛期间被埋藏的“伏藏”佛书，纷纷重新问世。其中特别具有重要意义的是宇陀。宁玛元丹贡布的《四部医典》重见天日。

　　公元1012年，红教的德敦。查巴旺西在桑耶寺乌兹经堂的瓶形殿柱内发现埋藏的《四部医典》，使这部沉睡了200多年的医著再度问世。从此，历代医家对该书不断进行研究、注疏、增订，并吸收藏医以外的知识，使其内容大大丰富。其中以11世纪左右的宇陀。萨玛元丹贡布的工作最为突出。宇陀。萨玛是宇陀。宁玛的第13代孙。他的最大功绩在于对《四部医典》做了十分详尽的修订、整理和补充，并根据该书的内容，编纂了一套《四部医典》的诠释，其中有些至今仍流传于世。

　　萨迦王朝时西藏正式归入中国版图。在八思巴统治西藏时期，昌狄家族的成员对藏医学做出了不少贡献。昌狄。班旦措吉所著《解剖明灯》和《药物蓝图》，都绘有一些图谱，这为其后绘制成套的“曼汤”打下了基础。

　　公元14世纪中叶，山南地区帕摩竹王朝的建立，替代萨迦王朝统治了全藏。藏医学在这一时期出现了不同的学派。其中以北派和南派为主要代表。

　　北派由著名藏医强巴。南杰扎桑创立。他的知识广博，除了对《四部医典》进行诠释的《所需所得》以外，还有一些其他著作。由于他生活在北方高原地带，对常见病如风湿证有丰富的治疗经验，擅长应用温热药物、艾灸及放血疗法。

　　南方学派的出现较北派略晚一些，其代表人物是舒卡。年姆尼多吉。他对南方的草药有独特的研究心得，著有《草药鉴别》、《草药性味》、《草药生态》。其后的南方学派重要医家洛追给布对《四部医典》也很有研究，著有《祖先口述》，此著作至今仍为医家学习和研究《四部医典》的重要参考书。

　　公元17世纪初，甘丹颇章王朝建立，这个王朝中比较有成就的是五世达赖（1617～1682），他十分重视发展科学，采取了一系列鼓励发展医学的政策和措施，使藏医学得到较大的发展。

　　五世达赖对培养医学人才比较重视，先后建立藏医机构数处。如在拉萨北郊的哲蚌寺设立“医学利众寺”，下令恢复日喀则的医学校，招收优秀青年喇嘛学习《四部医典》，培养优秀学者。

　　不久，五世达赖的摄政王第司。桑吉嘉措在拉萨设立“药王山医学利众寺”，由桑吉嘉措直接主持。他凭借其政治地位，广泛研究历代各注家的著作，并根据亲身经验，对《四部医典》进行了深入细致的研究，特别对那些有争议的、比较难懂的问题进行了通俗的注解和诠释，于1686年完成巨著《四部医典蓝琉璃》，篇幅比原著增加一倍以上，内容通俗易懂，是《四部医典》的标准注释本。

　　这一时期，刻板和印刷的技术均已大大提高。桑吉嘉措在五世达赖的批准下，刻印了一大批藏医的重要著作，如《四部医典》扎汤版，洛追给布的《祖先口述》《新老宇陀传记》《四部医典蓝琉璃》等许多著作。桑吉嘉措还根据《四部医典蓝琉璃》的内容，主持绘制了一整套藏医彩色挂图，用形象的图画把该书的内容通俗地表述出来，全套挂图共79幅，这是世界医学史上仅有的珍贵文物，受到国内外藏学界及藏医界的特别重视。

　　这一时期的本草学著作是帝玛。丹增彭措的《晶珠本草》，全书收载各类药物2294种，涉及每一种药物的形态、功用、产地、用法等内容，是藏医药史上影响最大的药物学专著。

　　此外，这一时期藏医药在西藏以外的地区也得到了一定的发展。如公元1711年，青海的塔尔寺便建立了“曼巴扎仓”，此后，广惠寺、夏琼寺、拉加寺等寺院也相继建立了“曼巴扎仓”，开设藏医课程，学习经典医著，带徒传技，采制藏药，医治疾病，培养了一大批藏医人才。