所指的“神”，亦非神灵之神。中医所指的“心”与“神”实际上包括了大脑和大脑功能的一部分，指的是人的精神、思维、意识的发源地，即藏神的地方。《灵枢。本神》：“所以任物者谓之心”，意即心有接受外界信息，并能产生精神、意识与思维活动，使人对外界的事物，自然环境作出反应的作用。著名医家张介宾也说：“心为脏腑之主，而总统魂魄，并该意志……情志所伤，虽五脏各有所属，然求其所由，则无不从心所发。”把人的精神、意识、思维活动的产生也归属于心主神明的作用，归结于大脑的生理功能。如果心的生理功能即大脑生理功能正常，人就精神振奋，情志清晰，思维敏捷，能应变各种复杂的自然和社会环境的变化，与社会和自然和谐统一；反之，就会导致人的思维混乱，意识模糊，反应迟钝，精神萎靡不振，健忘善变，与社会、自然环境不能协调。由于心所藏的神有如此大而广的作用，故称“五脏六腑之大主”。