慢性萎缩性胃炎胃镜检查及活检是最可靠的诊断方法。胃镜诊断应包括病变部位、萎缩程度、肠化生及不典型增生的程度。肉眼直视观察萎缩性胃炎的粘膜多呈苍白或灰白,皱襞变细或平坦。粘膜可表现红白相间,严重者有散在白色斑块。粘膜下血管显露为萎缩性胃炎的特征,可见到红色网状小动脉或毛细血管,严重的萎缩性胃炎,可见有上皮细胞增生形成细小颗粒或较大结节。亦有粘膜糜烂,出血现象。胃粘膜活检病理主要为腺体不同程度萎缩、消失,代之以幽门腺化生或肠腺化生,间质炎症浸润显著。
慢性萎缩性胃炎在临床上无特异性表现,故诊断慢性萎缩性胃炎需要临床表现结合相关辅助检查,尤其是胃镜检查及胃粘膜活组织检查。