细菌这个名词最初由德国科学家埃伦伯格（Christian Gottfried Ehrenberg， 1795-1876）在1828年提出，用来指代某种细菌。这个词来源于希腊语βακτηριον，意为“小棍子”。

1866年，德国动物学家海克尔（Ernst Haeckel， 1834-1919）建议使用“原生生物”，包括所有单细胞生物（细菌、藻类、真菌和原生动物）。

1878年，法国外科医生塞迪悦（Charles Emmanuel Sedillot， 1804-1883）提出“微生物”来描述细菌细胞或者更普遍的用来指微小生物体。

因为细菌是单细胞微生物，用肉眼无法看见，需要用显微镜来观察。1683年，列文虎克（Antony van Leeuwenhoek， 1632–1723）最先使用自己设计的单透镜显微镜观察到了细菌，大概放大200倍。路易。巴斯德（Louis Pasteur， 1822-1895）和罗伯特。科赫（Robert Koch， 1843-1910）指出细菌可导致疾病。