从胚胎学的角度而言，泌尿生殖系统包括中肾系统、副中肾系统、肾结构及性腺。在胚胎发育性腺分化以前，不论男女都有两对纵行的管道，位于生殖嵴的外侧，即中肾管及副中肾管；性腺分化以后，男性胚胎则在睾丸产生的雄激素的影响下，中肾管系统继续发育成为男性生殖器官，副中肾管则在胎儿睾丸产生的副中肾管抑制物质的影响下，停止发育而退化。女性胎儿则不然，因无睾丸，也无内源性雄激素的支持，中肾管逐渐退化，副中肾管则不受抑制而发育为女性的内生殖器。事实上，中肾系统并非完全退化消失，如输尿管、膀胱三角区及相邻的尿道是由中肾管衍化来的，中肾管头部的小管在成年女性的宽韧带内、子宫颈侧旁、阴道的侧旁等部位成为残迹而被保留下来。大部分的残迹组织可以长期保持稳定而无所改变，但少数中肾管残迹可以发展成为囊肿，即中肾管囊肿。

副中肾管是在胚胎5～6周时体腔间皮向内凹陷而形成的，其尾部经过融合、腔化而形成子宫、宫颈及阴道上段，其向腹腔内开口的一段，则以后形成输卵管，在此过程中，可以有副管腔或憩室形成。根据woodruff等的意见，认为可有5%～10%的发生率，而且这些副管腔往往没有开口，故腔内上皮的分泌无法排出，积聚于腔内，逐渐扩张而形成囊肿。这类囊肿，事实上是一个输卵管积液，并非中肾管来源而是副中肾管来源。

此外，从胚胎组织的潜能分析，间皮细胞亦有可能通过化生而成为副中肾管型上皮的囊肿。在卵巢冠囊肿中，有一小部分是恶性的乳头状浆液性囊腺癌，其有输卵管的组织学特征，这是一个强有力的证据，说明这些囊肿来源于副中肾管系统或间皮细胞。