阴沟肠杆菌感染以呼吸道感染、泌尿系统感染、创口感染为主，阴沟肠杆菌的临床分布也是痰、咽处分布占多数，其次是尿液、创口分泌物，血液、腹腔引流液、脓液、胆汁等均有不同程度的检出。

下呼吸道感染患者多有慢性阻塞性肺病及支气管肺癌等严重基础疾病。临床症状有发热甚至高热、咳痰，痰液可为白色、脓性或带血丝，但在老年人中症状较少甚至无症状，还可有呼吸急促，心动过速。感染可以表现为支气管炎、肺炎、肺脓肿、胸腔积液。休克和转移性病灶少见。X线表现不一，可以是叶性、支气管炎性、空隙性或混合性，可以为单叶病变、多叶病变或弥漫性双侧病变等。

免疫能力低下，免疫抑制剂、激素、抗生素的应用以及侵入性操作如安置呼吸机、气管切开、气管插管等都是下呼吸道感染发生的诱因。

泌尿道感染泌尿道感染可变现为无症状的细菌尿，也有出现肾盂肾炎的，表现为乏力、发热、尿频尿急、腰酸腰痛等。

伤口感染常见于烧伤创口、手术切口的感染。随着各种手术的开展，几乎各处都可有该菌感染，伤口的出现使得皮肤的防御屏障缺失，为细菌感染提供了机会，临床上以胸骨纵隔和脊柱后方感染相对多见。

败血症发热症状常见，热型不一，可为稽留热、间歇热、弛张热等。发热常伴寒战，可出现低血压或休克；白细胞增多，也有减少的情况；偶可出现血小板减少症、出血、黄疸、弥散性血管内凝血等。大多同时有皮肤症状，如紫癜、出血性水疱、脓疱疮等。败血症多发生在老人或新生儿中，或合并其他细菌混合感染。

腹部感染如肝的气性坏疽、急性气肿性胆囊炎、逆行胰胆管造影术后败血症、急性化脓性胆管炎、腹膜炎等。上述疾病常见于肝移植相关性感染者，由于胃肠中的阴沟肠杆菌迁徙或经肠道穿孔处到达腹膜或其他脏器引起感染。

中枢神经系统感染阴沟肠杆菌可引起脑膜炎、脑室炎、脑脓肿等。

眼部感染眼部手术是常见诱因，白内障手术多在老年人中进行，是眼部感染的常见原因，感染常导致眼球炎。

其他感染在社区感染中常出现指甲下血肿、摔伤后软组织感染等。危险度最高的是静脉药瘾者、人工瓣膜术后、心脏手术后感染可出现心内膜炎。