阴沟肠杆菌可以通过人体皮肤上口直接侵入感染人体或通过侵入性操作（留置导尿管、静脉穿刺、机械通气等）所产生的通道入侵机体导致感染。此外，机体免疫力低下或长期应用抗生素导致机体菌群失调也容易导致阴沟肠杆菌感染发病。内毒素是阴沟肠杆菌的致病因子。除此之外，该菌对消毒剂及抗生素有强烈的抵抗能力，如果应用病菌敏感性低的抗生素则可出现对抗生素敏感的菌株被抑制，耐药菌株大量繁殖，容易造成医院感染细菌的传播和引起患者发病。这也是渐增多的医院感染的重要因素。

阴沟肠杆菌对抗生素的耐药性主要是产生产生ESBIs和AmpC酶，使抗生素药物水解灭活，同时细菌体内青霉素作用靶位发生变性，导致药物不能与之结合而丧失抗菌作用。由于第三代头孢菌素的广泛使用，容易筛选出高产AmpC酶的阴沟肠杆菌，导致耐药菌广泛传播。所以在治疗本病时应根据药敏结果选择合理的治疗方案。