阴沟肠杆菌是肠杆菌科肠杆菌属的成员之一。该菌为革兰阴性杆菌，菌体粗短，宽约0.6～1.1μm，长约1.2～3.0μm，有周身鞭毛（6～8条鞭毛），动力阳性，无芽孢，无荚膜，具有O，H和K三种抗原成分。其最适生长温度为30℃，兼性厌氧，在普通培养基上就能生长，形成大而湿润的黏液状菌落，在血琼脂上不溶血，在伊红-亚甲蓝琼脂（EMB）为粉红色且呈黏稠状。在麦康凯（MacConkey）琼脂上为粉红色或红色，呈黏稠状。在SS琼脂上若生长则呈白色或乳白色，不透明黏稠状。在糖类发酵中：乳糖、蔗糖、山梨醇、棉子糖、鼠李糖、蜜二糖均阳性，不能产生黄色色素。鸟氨酸脱羧酶试验、精氨酸双水解酶试验呈阳性，赖氨酸脱羧酶试验、吲哚试验阴性。