甲硝唑胶囊口服吸收良好，生物利用度80%以上。口服0.25g、0.5g和2g后的血药峰浓度（Cmax）分别为6mg/L、12mg/L和40mg/L，达峰时间（Tmax）为1～2小时。广泛分布于各组织和体液中，且能通过血-脑脊液屏障。唾液、胆汁、乳汁、羊水、精液、尿液、脓液和脑脊液等中药物的浓度均与同期血药浓度相近，并都能达到有效浓度。蛋白结合率小于20%.部分在肝脏代谢。代谢物也具有抗菌作用。血消除半衰期（T1/2β）为7～8小时，60%～80%经肾排泄，其中20%为原形，其余为代谢物（25%为葡糖醛酸结合物，14%为其他代谢结合物）。10%随粪便排泄，14%从皮肤排泄。