结核性脑膜炎治疗成功的关键在于早期诊断和有效的抗结核药物的应用。在炎症渗出物机化引起颅神经和脑质损坏前进行治疗，效果才能满意，而且很少复发，亦无后遗症。治疗在于异烟肼在内的联合用药治疗。异烟肼能够通过血脑屏障，口服给药，脑脊液中药物浓度亦很高。剂量一般成人8-12毫克/公斤/日加吡多辛100毫克/日；婴幼儿15-25毫克/公斤/日。链霉素成人1克/日，儿童20-30毫克/公斤。异烟肼的剂量在治疗1-2月症状改善后可分别减为5毫克和10毫克/公斤；链霉素则在3-4月后改为间歇治疗，每周2-3克。如为耐药菌感染后不能耐受药物副作用而无法使用链霉素时，可改用利福平或（和）乙胺丁醇，剂量与治疗肺结核同。初期以异烟肼、链霉素、利福平治疗，疗效比较好。这样强化治疗6个月后可改为二药联合治疗1-2年，一般可以异烟肼加对氨水杨酸或乙胺丁醇巩固治疗。有效的抗结核药物仍不足以治疗全部的病理，因往往其中有一些较为晚期的病例。一般总治愈率为75%，约1/4的病例留有各种后遗症。
肾上腺皮质激素结合抗结核药物的治疗采用广泛，但其作用机理没有肯定的意见。可能它对肺炎的消散和减少，以及脑水肿减轻有一定的作用，而且对临床上减轻毒性症状也有一定的帮助。但对于晚期溶解机化的渗出物则肯定无效，故肾上腺皮质激素应早期应用，并且必须与有效的抗结核药物联合使用。剂量成人以强的松为例，为60毫克/日（儿童1-1.5毫克/公斤/日，不超过每日30毫克），分3-4次口服；2-3周后逐渐减量，至6-8周停药。
经以上治疗症状一般在30-45天消失；脑脊液恢复正常比较慢，一般需6个月。
精心的护理和支持治疗非常重要，呕吐、昏迷病人易将食物吸如呼吸道，引起肺炎。对昏迷病人，以鼻饲管进食。
