目前弥漫性肺疾病有许多种，某些疾病的病因已经明确，但是大多数疾病的病因尚不明确，人们逐渐认识到，那些能够明确带来弥漫性肺疾病的致病因素，只能影响一小部分人群，表明遗传性诱发因素也起着重要的作用。目前研究表明，这种遗传性诱发因素作用的形式不是单一的，而是相互作用，纷繁复杂，很可能影响到许多显形遗传位点的功能，目前研究遗传性诱发因素的方法有两种：确定带有家族发病倾向的个人的基因型，或应用病例参照方法，将已经明确的基因作为参照，而这种基因恰好是一个关键的发病因素。
大多数弥漫性肺疾病很少会影响到家庭，因此基因参照法便成为主要的研究手段，应用这种方法，我们已经明确了许多能够参与硬化症和致纤维化性肺泡炎发病的基因位点，而这两种疾病是系统性硬化症中的常见病，在硬化症发病中具有意义的基因位点包括：
1. II级 MHC 基因，尤其是HLA-DR 和DP等位基因。
2. 与抗原呈递相关的基因，最著名的是TAP.
3. 血管紧张素转换酶的多态性。 在系统性硬化症中，决定其临床表型的主要因素是抗拓扑异构酶自身抗体，Scl70与内部器官尤其是肺纤维化有关，抗着丝点抗体与血管性疾病有关，抗核糖体蛋白抗体与肾病有关，多发性肌炎抗拓扑异构酶抗体（PM/Scl）与硬化症/多发性肌炎重叠综合征有关。近来的研究表明，HLA-DR与Scl70 显著相关，表明自身抗体，以及临床表型受到遗传学因素的调节，迄今为止，与隐源性致纤维化性肺泡炎相关的基因就是白细胞介素-1受体激动剂基因家族中的一个成分。在缺乏大规模家族性队伍的情况下，未来的研究将需要更广泛的合作。
