《黄帝内经》（简称《内经》）的问世，是先秦医学发展的必然结果。此书约成书于战国至秦汉时期，东汉至隋唐仍有修订和补充。《内经》包括《素问》和《灵枢》两部分，共18卷162篇。它是几代医学家共同劳动创造的，是先秦医学经验和理论的总结，内容十分丰富。该书全面论述了人与自然的关系，人体的生理、病理及疾病的诊断、防治等，不但为中医学理论体系的确立奠定了基础，同时也是中医学在理论与实践诸方面继续发展的基石。

　　《内经》注重整体观念，既强调人体自身是一个有机整体，又强调人与自然、社会环境密切相关。《内经》认为，人体结构的各个组成部分都不是孤立的，而是彼此相联的，这种联系表现在生理与病理、脏腑与经络等各个方面。《内经》将人体内的脏腑与体表的组织器官一一作了联系，并认为某一部分发生的局部病变，可以影响到整个身体或其他器官，因而在治疗上重视局部与整体的联系。《内经》又提出了人与自然、社会环境相统一的观点，人的健康与疾病，直接受到四时气候变化、地理环境优劣以及社会政治经济地位变化的影响，因而强调在医疗实践中，必须因时、因地、因人制宜，才能作出正确的诊断和适宜的治疗。

　　《内经》系统地将阴阳五行学说引入医学领域，以解释人体的生理功能、病理变化及指导疾病的诊断和防治。《内经》把阴阳的对立统一看成是世界万物的普遍规律，指出：“阴阳者，天地之道也，万物之纲纪，变化之父母，生杀之本始，神明之府也。”《内经》认为，在正常情况下，人体内的阴阳两方面是平衡协调的。一旦这种平衡遭到破坏，人体就会生病。论病因，则说“夫邪之生也，或生于阴，或生于阳”（《素问·调经论》）；论发病，则说“合而病至，偏害阴阳”（《素问·著至教论》）；论病机，则概括为：阳胜则热，阴胜则寒，阳虚则寒，阴虚则热。诊断时应辨明病证之属阴属阳，而治疗时则要调整阴阳，使之恢复平衡协调。《内经》运用五行学说，解释人体的生命活动与自然界变化的关系，将世间各种事物和现象，包括四季气候的变化、人体的生理病理乃至精神状态，都分归于五行中，并认为人体内的脏腑器官也存在着“相生相克”的联系。因此，《内经》将五行学说引入医学，其最大的特点就是说明人体各脏腑组织器官，并非彼此孤立，而是相互联系的。在生理上相互资助，相互制约，维持了人体内环境的稳定及内外环境的统一；在病理上相互影响，一脏有病，可影响其他脏器。这无疑是符合辩证法思想的。

　　《内经》创立了藏象经络学说。《内经》较详细地描述了五脏六腑各自不同的生理功能，这是总结了秦汉以前古人整体观察的结果，并与古代解剖知识相结合得出的。如《内经》指出：“心主身之血脉”：“心者，君主之官也，神明出焉”。前者的发现无疑与当时解剖进步有关，而后者则是通过整体观察得出的。《内经》在提倡人体解剖的基础上，更重视用整体观察的方法来认识脏腑的生理功能，把呼吸、循环、消化、排泄、生殖、免疫、精神等各种功能活动分属于五脏，从而建立起以五脏为中心的五大生理系统，初步形成了藏象学说。《内经》对经络学说尤有精辟的论述，不但对十二经脉的循行走向，络属脏腑及其所主病症均有明确记载，而且对奇经八脉、十二经别、十二经筋、十二皮部及十五别络的走向、分布、功能亦有记叙。与长沙马王堆汉墓出土的《足臂十一脉灸经》和《阴阳十一脉灸经》相比，《内经》不仅由十一条经脉发展为十二条经脉，而且其循行走向很有规律，各经之间相互衔接，起到了联络表里上下、运行气血及调节身体各部机能活动的作用。《内经》总结了秦汉以前人们对经络的认识，并使之系统化、理论化，创立了经络学说。

　　《难经》是一部与《黄帝内经》相媲美的古典医籍，相传系秦越人（扁鹊）所作。该书内容简要，辨析精微。全书所述以基础理论为主，涉及生理、病理、诊断、治疗等各个方面，尤其对脉学有较详悉而精当的论述，对经络学说以及脏腑学说中的命门、三焦的论述，则在《内经》的基础上有所阐扬和发展。该书补充了《内经》的不足，与《内经》一样，成为后世指导临床实践的理论基础。