构建精气理论的层次结构，目的是为了界定精气理论体系现中各种气的概念、研究对象和研究范围。精气理论体系中涵有哲学的、自然界的、人体内的各种各样的气，既有抽象的，也有具体的。根据各种气的不同内涵、来源、作用等，可将它们分别归属于精气理论框架中的不同层次，从而构建起精气理论的层次结构。

　　古代哲学的宇宙之气是精气理论结构中的最高层次的气范畴。之所以把它称为最高层次的气，是因为其概念是最抽象的。此宇宙之气是指存在于宇宙之中的无形可见的运行不息的极细微物质，是构成宇宙万物的本原或本体，也是宇宙万物发展变化的内在动动力。此气在先秦及秦汉道家的“道—气—物（人）”的宇宙发生模式中，是宇宙万物的共同构成质料，而在两汉“元气一元论”或“气本原论”的哲学逻辑结构中，是宇宙万物的最原始的构成本原。在“气本体论”的哲学思想中，此气既是无形的，又是无形的；不论是无形的气态物质，还是有形的液态或固态物质，都是气的存在形式。

　　中医学的气，主要是指人体之气。自然界的气，主要是指大气及其运动变化而产生的气候变化。它们是此精气理论结构中的第二层次。它们虽然也是无形可见而运动不息的，但都是比较具体的、实在的精微物质。它们并非宇宙万物的构成本原，也不是人体各脏腑组织器官的构成本原。因此，不能说宇宙万物是由自然界中的大气凝聚而成的，只能说它们是由极抽象的宇宙之气所生成；也不能说人体内的脏腑组织器官是由人体之气生成的，只能说它们也是由极抽象的宇宙之气所构成。大气存在于自然界之中，其随四时而化为风、寒、暑、湿、燥、火六气；六气的运动，又化为温、热、寒、凉的气候变化。自然界的大气通过呼吸与人体内之气进行交换，人类赖此气以维持生命。四时气候的变化，影响着人体之气的运动和功能，因而影响着人体内各脏腑组织器官的功能活动。人要使体内之气升降出入运行协调有序，各脏腑组织器官的功能发挥稳定，就必须与自然界之气的运动变化相统一，“法于阴阳”，“合于四时”以养生。这就是人与自然环境相统一的整体观念。可见，人体之气是与自然界之气而非宇宙之气发生相互联系和相互作用。人体之气和自然界之大气及其气候变化，虽然受最高层次的宇宙之气的制约，但此宇宙之气并非直接作用于人体，人体之气也不可能直接受到此极端抽象的宇宙之气的影响。

　　人体内又有各种各样的气，如元气、宗气、营气、卫气、五脏六腑之气、经络之气等，它们各处于人体气理论结构的不同层次。