五行学说在中医学领域中的应用，主要是运用五行的特性来分析和归纳人体的形体结构及其功能，以及外界环境各种要素的五行属性；运用五行的生克制化规律来阐述人体五脏系统之间的局部与局部、局部与整体，以及人与外界环境的相互关系；用五行乘侮胜复规律来说明疾病的发生发展的规律和自然界五运六气的变化规律，不仅具有理论意义，而且还有指导临床诊断、治疗和养生康复的实际意义。五行学说的应用，加强了中医学关于人体以及人与外界环境是一个统一整体的论证，使中医学所采用的整体系统方法更进一步系统化。
（一）说明五脏的生理功能与相互关系
1.说明人体组织结构的分属根据脏腑组织的性能、特点，将人体的组织结构分属于五行，以五脏（肝、心、脾、肺、肾）为中心，以六腑（实际上是五腑：胆、小肠、胃、大肠、膀胱）为配合，支配五体（筋、脉、肉、皮毛、骨），开窍于五官（目、舌、口、鼻、耳），外荣于体表组织（爪、面、唇、毛、发）等，形成了以五脏为中心的脏腑组织的结构系统，从而为藏象学说奠定了理论基础。
2.说明脏腑的生理功能五行学说将五脏归属于五行，以五行的特性来说明五脏的生理功能特点。如：木性可曲可直，条顺畅达，有生发的特性，肝属木，故肝喜条达而恶抑郁，有疏泄的功能；火性温热，其性炎上，心属火，故心阳有温煦之功；土性敦厚，有生化万物的特性，脾属土，故脾有消化水谷，运化精微，营养五脏、六腑、四肢百骸之功，为气血生化之源；金性清肃，收敛，肺属金，故肺具清肃之性，肺气有肃降功能；水性润下，有寒润、下行、闭藏的特性，肾属水，故肾主闭藏，有藏精、主水等功能。
3.说明脏腑之间的相互关系五行学说用五行相生的关系说明五脏之间的相互资生、相互为用的关系。如木生火，即肝木济心火，肝藏血，心主血脉，肝藏血功能正常有助于心主血脉功能的正常发挥。火生土，即心火温脾土，心主血脉、主神志的功能正常，血能营脾，脾才能发挥主运化、生血、统血的功能。土生金，即脾土助肺金，脾能益气，化生气血，转输精微以充肺，促进肺主气的功能，使之宣肃正常。金生水，即肺金养肾水，肺主清肃，肾主藏精，肺气肃降有助于肾藏精、纳气、主水之功能。水生木，即肾水滋肝木，肾藏精，肝藏血，肾精可化肝血，以助肝功能的正常发挥。这种五脏相互滋生的关系，就是用五行相生理论来阐明的。
用五行相克的关系说明五脏之间的相互制约、相互克制的关系。如心属火，肾属水，水克火，即肾水能制约心火，如肾水上济于心，可以防止心火亢烈。肺属金，心属火，火克金，即心火能制约肺金，如心火之阳热，可抑制肺气清肃太过。肝属木，肺属金，金克木，即肺金能制约肝木，如肺气清肃，可抑制肝阳的上亢。脾属土，肝属木，木克土，即肝木能制约脾土，如肝气条达，可疏泄脾气之壅滞。肾属水，脾属土，土克水，即脾土能制约肾水，如脾土的运化，能防止肾水的泛滥。这种五脏之间的相互制约关系，就是用五行相克理论来说明的。
五脏中每一脏都具有生我、我生、克我、我克的关系。五脏之间的生克制化，说明每一脏在功能上有他脏的资助，不至于虚损，又能克制另外的脏，使之不致过亢。本脏之气太盛，则有他脏之气制约；本脏之气虚损，又有他脏之气补之。如脾（土）之气，其虚，则有心（火）生之；其亢，则有肝木克之；肺（金）气不足，土可生之；肾（水）气过亢，土可克之。这种生克关系把五脏紧紧联系成一个整体，从而保证了人体内环境的对立统一，稳定平衡。
4.说明人体与内外环境的统一事物属性的五行归类，除了将人体的脏腑组织结构分别归属于五行外，同时也将自然的有关事物和现象进行了归属，反映出人体内外环境统一的整体观念。人体的五脏、六腑、五体、五官等，与自然界的五方、五季、五味、五色等相应，从而把人与自然环境联系在一起。这种归类方法，不仅说明了人体内在脏腑的整体统一，而且也反映出人体与外界的协调统一。例如春应东方，风气主令，故气候温和，气主生发，万物滋生。人体肝气与之相应，肝气旺于春。这样就将人体肝系统和自然界春木之气统一起来，反映出人体内外环境统一的整体观念。
（二）说明五脏病变的相互影响
1.相生关系的影响在临床上，五脏发生病变时，可以发生传变，包括“母病及子”，和“子病犯母”两个方面。母病及子，指疾病由母脏传于子脏，如先有肾精不足，不能滋养肝阴，导致肝肾阴虚，又叫“水不涵木”，就是“母病及子”的表现。子病犯母，指疾病由子脏传于母脏，如先有心血不足，累及肝脏，导致肝血不足而成心肝血虚，就属“子病犯母”，或称“子盗母气”。
2.相克关系的影响五脏病变时，也可出现“相乘”和“相侮”的现象。如肝气亢盛，影响脾的运化功能，叫“木乘土”。肝火上亢，灼伤肺金，使肺的宣发肃降功能失常，称为“木火刑金”或“木火侮金”。
（三）用于疾病的诊断
人体是一个有机整体，内脏有病可以反映到相应的体表组织，出现色泽、声音、气味、形态、脉象等方面的异常变化。在临床工作中，根据脏腑组织器官的五行归属及其生克乘侮规律，综合分析望、闻、问、切四诊所获得的病理资料来推断病情，做出诊断。如面见青色、喜食酸味、脉见弦象，多为肝病；面见赤色、口苦、心烦、脉洪，多为心火亢盛；面见黄色，多为脾虚；面见白色，多为肺病；面见黑色，多为肾病。
（四）用于疾病的治疗
五行学说在治疗上的应用，主要体现于药物、针灸、精神等疗法之中。
1.指导脏腑用药中药以色味为基础，以归经和性能为依据，按五行学说加以归类，这种归类是脏腑选择用药的参考依据。如青色、酸味入肝，用白芍，山茱萸等；赤色、苦味入心，用黄连，丹参等；黄色、甘味入脾，用甘草，白术等；白色、辛味入肺，用石膏，麻黄等；黑色、咸味入肾，用玄参，熟地等。这种归类是脏腑选择用药的参考依据。
2.控制疾病的传变运用五行子母相及和乘侮规律，可以判断五脏疾病的发展趋势，在治疗时，除对所病本脏进行处理外，还应考虑有关脏腑的传变关系。《难经七十七难》：“见肝之病，则知肝当传之于脾，故先实其脾气。”就是肝气太过，木旺必克土，此时应先健脾胃以防其传变，脾胃不伤则病不传，治疗肝病则易于痊愈。应用五行生克乘侮理论阐述疾病传变规律，从而确定预防性治疗措施，防止疾病的传变。
3.确定治则和治法在确定治疗原则时，根据相生规律采取补母和泻子的方法。如滋水涵木法，即补益肝肾法，是通过滋补肾阴来养肝阴，适用于肝肾阴虚或肝阳偏亢之证；培土生金法，即补脾益肺法，是通过补益脾气来补肺气，适用于脾肺气虚证。也可以根据相克规律采取“抑强”和“扶弱”的方法，“抑强”主要用于太过引起的相乘和相侮，“扶弱”主要用于不及引起的相乘和相侮。如抑木扶土法，即疏肝健脾法，适用于木旺乘土或土虚木乘之证，如用于木旺乘土，则以抑木为主，扶土为辅，如用于土虚木乘之证，则应以扶土为主，抑木为辅。
4.指导针灸取穴在针灸疗法上，针灸医学将手足十二经四肢末端的穴位分属于五行，即井、荥、俞、经、合五种穴位分属于木、火、土、金、水。临床根据不同的病情以五行生克乘侮规律进行选穴治疗。
5.指导情志病的治疗情志属于五脏，五脏有生克关系，情志也有生克关系，临床上利用情志之间的制约关系来达到治疗疾病的目的。如“怒伤肝，悲胜怒……喜伤心，恐胜喜……思伤脾，怒胜思……忧伤肺，喜胜忧……恐伤肾，思胜恐”（《素问阴阳应象大论》）。即所谓以情胜情的治疗方法。
