中医理论体系的建构方法亦有人称之为主要思维方法，它们促成了理论体系的形成。中医学非实验医学，其理论主要来自于临床实践，因此，与西医相比，明显不同之处是中医着重于宏观、整体上的尤其是功能方面的研究，而微观方面的尤其是形态结构方面的观察和研究则有所轻慢。中医理论受古代哲学影响很深，在中医医学术语和理论中常常看到哲学的内容。中医是如何把临床经验上升为理论的呢？中医是如何从宏观、整体上建立起人体生理、病理以及诊断防治疾病的整套理论体系的呢？这就需要我们对中医理论体系的建构方法（或思维方法）有一个了解。现就中医学的主要思维方法分述如下：
（一）取象比类
《素问。示从容论》说：“援物比类，化之冥冥”，所以，中医又常把这种方法称为援物比类法或比照类推法。此方法是根据被研究对象与已知对象在某些方面的相似或类同（援物、取象），从而认为它们在其他方面也可能是相似或类同的（比类），由此推导出被研究对象的其它性状。这是由一事例推测到另一事例的方法。这种方法是科学认识过程中获得新知识的重要手段。中医理论体系中，比照类推是一常用的方法，尤其是与自然现象的比照类推，与五行属性的比照类推。例如：《素问。八正神明论》说：“天温日明，则人血淖液而卫气浮，故血易泻，气易行；天寒日阴，则人血凝泣而卫气沉”。这段话意思是说，气候温和，日色晴明，则人的血液流行滑润，而卫气浮于表，血容易流通，气容易行；气候寒冷，天色阴霾，则人的血行滞涩不畅，而卫气沉于里。这是古代医家在认识人与自然相应的基础上，将温度、阳光对水的影响推及温度、阳光对人气血的影响而得出来的结果（或认识）。
又例如，脾在五行中属阴土。土有生化、承载、受纳的特性；而阴土则喜燥而恶湿，类推脾亦有此特性，若脾不运化、或湿浊内停则会生病。
又例如，自然界，树叶或树枝之所以会摆动，这是由于风吹动的缘故，风大猛烈更会将整棵树推倒。由此推之，人体出现不自主的振颤、摇动，甚或突然倒仆，半身不遂等亦是风引起。随着认识的加深，认为风有内外之分，自然界的气流动太快而为风，此风是外风，从外侵袭人体。治疗当用祛风药。而类比之，人体内的气动得太快亦会成风而使人得病，此谓内风。正如清代叶天士在《临证指南。中风》中说：“内风乃身中阳气之动变”。上述的病变，主要是内风引起，尤其是多由于肝阳上亢，肝风内动而致，治当平肝熄风。这是用比照类推法来探求病因的例子。
中医更常常参照兵法而类比医学，如《灵枢。逆顺》说：“兵法曰：无迎逢逢之气，无击堂堂之阵。刺法曰：无刺熇熇之热，无刺漉漉之汗”。这是将战斗进攻时机与治病用针时机进行比照类推。
中医也常在日常生活观察中提炼事例而类比：如在治法上，有“釜底抽薪”法、“增水行舟”法等等。
比照类推法对于建立中医理论是起了很大作用的。但该法也存在着局限性。因为事物之间存在着同一性与差异性，同一性提供了比类的逻辑依据，差异性则住住会得出错误的比照类推结论。相似的两个对象之间总是有一定差异，如果要推导的内容正好是它们差异之处，那么结论就可能是错误的。例如：花、叶类中药，其质轻，轻则轻清上浮，所以认为有升、散的作用。果实类中药，其质重，重则沉降，所以认为有沉降作用。但旋复花、大青叶等花、叶类药，其性却反降，有降逆的作用；蔓荆子、苍耳子等果实类药，其性反升，有发、散作用。因此，对此得出的结论，还必须通过实践加以检验。
（二）司外揣内
司外揣内法，是指通过观察事物外在表象，以揣测分析其内在状况和变化的一种思维方法。亦有人称作“以表知里”。前人早就已经认识到，事物的内部和外部，相互间是着密切联系着的，“有诸内，必形诸外”。内在的变化，可通过某种方式，在外部表现出来，通过观察表象，可一定程度认识内在的变化机理。这一方法远在古代，就已经在其他自然学科中被采用。如《管子。地数》说“上有丹砂者，下有黄金；上有慈石者，下有铜金；上有陵石者，下有铅锡赤铜……”这便是司外揣内法在地质学方面的应用。
这种方法亦是中医学常用的方法。脏象学说主要就是以此为方法来揣测、分析、判断内脏的内涵。脏者藏也，即是藏在于体内的器官；象就是脏腑表现于外的生理、病理现象。也就是说，脏象学说就是借助对外在生理病理现象的观察分析，来揣测判断内在脏腑的功能特点。例如，通过对脉象、舌象、面色及心胸部症状等外在征象和症状的观察分析，就可以了解心主血脉功能的正常与异常，并由此作出诊断，决定治疗。又例如，根据声音的低微还是响亮，可以判断肺气虚还是不虚；据舌色鲜红还是正常，可以判断体内有热还是正常等等。中医诊断学的内容大多是以此方法建立起来的。由表测里方法与现代控制论“黑箱”方法有所类同。对于内部有着复杂联系又不便于打开，或打开后可能干扰破坏原有状态的研究对象（例如生命活体变化的过程），借“黑箱”方法，通过对输入信息和输出信息之间关系的对比研究，常可测知该对象内部的大致联系及其变化规律。
（三）揆度奇恒
揆度奇恒即对比，就是考察两种或两种以上对象之间不同与相同之处。对比方法，是对客观世界进行认识活动的基础，是逻辑规律和各种科学方法的前提。《黄帝内经》明确有“揆度奇恒”的说法。“揆度”即衡量：“奇恒”即异常和正常的意思。“揆度奇恒”即是对一般正常情况和异常情况进行对比，找出不同之点。在中医学中，对比法的应用主要有下面几种：
1.与正常人对比，从而发现异常例如：正常人是一呼，脉搏跳动2次，一吸，脉搏跳动2次，加上呼吸间歇跳一次，共五次。医生诊病时，可以把自己作为一个正常人来与病人相对比，若一呼一吸，病人脉搏分别跳动一次叫“少气”；一呼一吸分别跳动3次为躁，此人患热性病病；若一呼跳动4次以上则予后较差。
2.正反二者对比，揭示生理现象或相反的病理证候如：淡红舌、薄白苔是正常舌象，医生诊病时以之为参照，若舌淡白苔白则为虚为寒；相反的舌红苔黄则属热；舌质苍老为实证，舌质淡嫩为虚证。通过寒热、虚实正反外象的对比，二者的鉴别要点就显得十分清楚了。
3.通过两类不同事物的对比，发现同一类事物的共同特征例如：人体内有五脏六腑。通过五脏功能与六腑功能的对比，可以发现五脏是以贮存人体的精气为主，如肝藏血，肺主气，肾藏精，这些脏器将精华物质贮存于内，不使其外泄而耗损。而六腑则是以受纳消化饮食物并传送为主要功能，当受纳，消化吸收后则排空，以利下一次饮食物进入。通过这一对比，则发现前者功能的特点是贮藏而内守为主；后者的功能特点是受盛和传化水谷，小肠、大肠等交替排空而不能久藏。故《素问。五脏别论》说：“所谓五藏者，藏精气而不泻也……六腑者，传化物而不藏。”所以在防治或养生时，要注意让五脏精气保持充盈，让六腑保持通畅。
由此，我们可以体会到，通过以上的对比，有助于人们认识人体的各种生命活动，从而帮助构筑医学理论。
（四）试探和反证
试探，即对研究对象先作一番考查，尝试性地提出初步设想，采取相应的措施，然后，根据实践结果，再对原设想作适当的调整，以决定下一步措施的一种思维方法。
古代医家常借助试探来审视病因，进行辨证，因此，又常被称作“审病法”、“消息法”。东汉。张仲景在《伤寒论》中就有一段应用试探法进行审视病因，进行辨证论治的精彩论述：“……若不大便六七日，恐有燥屎。欲知之法，少与小承气汤，汤入腹中，转矢气者，此有燥屎也，乃可攻之；若不转矢气者，此但初头硬，后必溏，不可攻之，攻之必胀满，不能食也”。这是先用小承汤来试探病人有无燥屎的方法。在较为复杂的病症或疑似难辨之证的认识和治疗中，这种方法的意义尤为突出。明。张介宾在《景岳全书。传忠录》中曾有一段经验之谈：“若疑其为虚，意欲用补而未决，则以轻浅消导之剂，纯用数味，先以探之。消而不投，即知为真虚矣。疑其为实，意欲用攻而未决，则用甘温纯补之剂，轻用数味，先以探之。补而觉滞，即知其有邪也。假寒者略温之，必见烦躁；假热者略寒之，必加呕恶。探得其情，意自定矣”。这里，张氏介绍了用试探法从难辨的证中辨别虚、实、寒热证的经验。
反证，是从结果来追溯或推测原因，并加以证实的一种逆向的认知方法。试探与反证两种方法既有联系，又有区别，它们都有从结果进行反推，不同之处是试探法要事先采取一定措施，然后，观察其结果；而反证则无需这一环节。
反证法在中医学中应用很广，中医理论的形成，不少内容是从反证法得来的。例如，肝血虚的病人，容易出现眼蒙，视物不明等，用益肝的药物治疗，随着肝虚恢复而眼的症状消失；火盛的病人出现目赤肿痛，用清泻肝火的药物治疗，随着肝火退而目赤肿痛消失。由此，反证肝与目有密切的关系。又如，某病人，患的还不清楚是何证，但用活血祛瘀的药物治好了。因而，可以考虑可能是血瘀证，甚至可能还会由此而发现血瘀证有新的症状。中医常说的“审症求因”就是典型的反证法。它通过对症状和体征的仔细分析、甄别，从结果出发去追索反推出新的病因。
可见试探与反证这两种认知方法在中医学中都被广泛应用。
（五）演绎
演绎，即从一般推导出个别的思维方法。人们以归纳得出的一般共性的结论为依据，去研究尚未深入研究的对象或新事物，可得出新的结论，如此推理下去，又可得出许多新的结果。
例如：阴虚常有一些共同表现：潮热、盗汗、口干、舌红少苔、脉细数等，则肝阴虚、肺阴虚、肾阴虚的症状，除了有肝、肺、肾各自的特定症状外，必然还有阴虚的共同表现；阳虚也常有一些共同表现如：畏寒、肢冷、舌淡、苔白、脉迟无力等，则肾阳虚、脾阳虚的症状除了脾肾各自的定位症状外，必然还有阳虚的共同表现。
五行的各自特性、阴阳的各自特性都可看作是一般的共性的东西用于推导。如心在五行属火、主神志、开窍于舌。而火的特性，具有温热，上升的特性。因此，心火旺则会出现烦躁失眠，口舌生疮等火热上炎的症状，此时，当清心泻火，当心火被清，证候自消。脾在五行属土，土的特性是具有生化，承载受纳等性质或作用。由此得出脾可以受纳水谷，为气血化生之源，脾为后天之本的认识。
中医学中，演绎法的使用常常与五行学说，阴阳学说以及气一元论是分不开的。
上述的思维方法，今天，在各门学科中仍然普遍使用。例如，平常实验研究就常用对比法，实验时，按需要设立多组，实验后对比各组，尤其是与正常组相对比，看是否有差异。又如，西医常在动物身上制造病理模型，以进行病理、药理、毒理学的研究，这就是比照类推法的应用。遇到疑难的疾病，一时未能诊断时，西医往往会采用“诊断性治疗”的方法，这便是试探法的应用。但是，中医应用这些方法时，是在古代哲学思想、人文观念及中医自身的整体观念指导下进行的，这是中医思维方法的特色所在。
