阴阳学说作为一种方法论，广泛应用于中医学的各个方面，主要是用以说明人体的组织结构、生理功能、病理变化，并指导临床的诊断和治疗用药。兹分述如下：

　　说明人体的组织结构

　　阴阳学说在阐释人体的组织结构时，认为人体是一个对立统一的有机整体，其一切组织结构既彼此相互联系，密切合作，又可划分为相互对立的阴阳两部分，并运用阴阳对立制约的关系进行具体分析。正如《素问·宝命全形论》所说：“人生有形，不离阴阳。”

　　1. 部位与结构的阴阳属性：就人体的部位与组织结构来说，则外为阳，内为阴；背为阳，腹为阴；头部为阳，足部为阴；体表为阳，内脏为阴。体表中之皮肤为阳，肌肉筋骨为阴；脏腑中六腑为阳，五脏为阴；五脏之中心肝为阳，肺脾肾为阴。而具体到每一个脏腑，则又有阴阳可分，如心有心阳、心阴；肾有肾阳、肾阴；胃有胃阳、胃阴等。这些阴阳属性的划分，主要是由脏腑组织所在的位置、生理功能特点等所决定的。

　　2. 气血津液的阴阳属性：气血津液是构成人体和维持人体生命活动的基本物质。就气与血来讲，则气为阳，血为阴；在气中，则卫气为阳，营气为阴。这些划分，即是根据气是无形的物质，有推动、温煦的生理作用；血是有形的液态物质，有滋养、濡润的生理作用等而定的。至于津液，则津清稀而薄，故属阳；液则稠厚而浊，故属阴。同样也是根据其性态而定。

　　3. 经络循行的阴阳属性：就经络系统循行部位来说，则循行于人体四肢外侧及背部者属阳（如手足三阳经），而循行于人体四肢内侧及腹部者则多属阴（如手足三阴经），只有足阳明胃经循行于腹部。

　　4. 组织结构阴阳属性的相对性：人体各部位、各种组织结构、各脏腑之阴阳属性不是绝对的，而是相对的，它们常根据一定条件的改变而改变。如以胸背关系来说，则背属阳，胸属阴；若以胸腹上下关系来讲，则胸又属阳，腹则属阴。同样，五脏阴阳属性，若以上下来分，则心肺在上属阳，心为阳中之阳脏，肺为阳中之阴脏；肝脾肾在下属阴，肝为阴中之阳脏，肾为阴中之阴脏，脾亦为阴中之阴脏（又称“至阴”）。脾属太阴，太阴为三阴之始，故脾为至阴。

　　总之，人体的上下、内外、表里、组织结构之间，以及每一组织器官本身，无不包含着阴阳的对立统一。而人体部位、组织、结构、器官的属阴、属阳，只是其相对属性的一般归类而已。

　　说明人体的生理功能

　　中医学认为，人体正常的生命活动，是机体阴阳两方面对立统一协调平衡的结果。人体的生理功能，亦是用阴阳学说来加以概括和说明的。主要表现为机体防御邪气侵袭的整体卫外机能，以及脏腑组织的功能活动等方面。

　　1. 体现在机体的防御功能方面：阳气在外，具有保护机体内部组织器官的卫外机能。阴精在内，是阳气的物质基础，并为阳气不断地储备和提供能量补充。故《素问·阴阳应象大论》说：“阴在内，阳之守也；阳在外，阴之使也。”《素问·生气通天论》亦说：“阴者，藏精而起亟也；阳者，卫外而为固也。”

　　2. 体现在脏腑功能活动方面：一般来说，五脏主藏精气为阴，六腑能消化、传导饮食水谷为阳。而每一脏腑中又各有阴阳，凡属功能活动则属阳，而产生这些功能活动的脏器和精气则属阴。

　　此外，中医学亦用阴阳关系来阐述具体的生理过程。

　　3. 阴阳相对平衡的生理意义：中医学对于生理上的阴阳关系，主要强调其相互协调和平衡。故《素问·生气通天论》说：“阴平阳秘，精神乃治。”若阴阳失去平衡，出现偏盛偏衰则为病理状态，而一旦阴阳不能相互依附、相互为用而分离，则“阴阳离决，精气乃绝”，其生命活动也就因此而告终。可以看出，中医学是从整体、系统水平来阐述人体的生理功能的，认为人体正常的生命活动，正是由于阴阳两个方面保持着对立统一的协调关系，并处于相对的动态平衡状态的结果。天人相应，是指人体的脏腑经络功能活动与自然界四时气候的变化相互适应而言，而中医学这种人与自然相应的理论，亦是建立在自然界的阴阳消长运动与人体的阴阳消长活动相互适应的基础之上的。