这是肺脓肿的关键性治疗。可选用青霉素、林可霉素、甲硝唑等敏感药物。痰液引流是提高疗效的措施，身体状况较好者可采取体位引流排痰，使脓肿处于最高位置，每日2—3次，每次10—15分钟；痰黏稠不易咳出者可用祛痰药或雾化吸人以利痰液引流。进行体位引流时应注意监护，医学，教育网收集整理尤其对重症、体质虚弱者，以防止大量痰液涌出，病人无力咳出而发生窒息。纤维支气管镜冲洗及吸引也是改善引流的有效方法。
少数经内科治疗而疗效不佳者，需考虑手术治疗，其手术适应证为：肺脓肿病程超过3个月，内科治疗不能减少脓腔，并有反复感染、大咯血者；伴有支气管胸膜瘘或脓胸经抽吸冲洗脓液疗效不佳者。
