药物的构效关系多数药物是通过化学反应而引起药理效应的。药理作用的特异性取决于化学反应的专一性。而后者又取决于药物的化学结构（包括基本骨架，主体构型，活性基因及侧链长短等因素）。这就是构效关系。
1. 化学结构相似的药物，其作用可能相似或相反。
2. 化学结构完全相同的光学异构体，作用可能完全相反。
3. 侧链常可影响药物作用（强弱、快慢、暂久等）。
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