免疫原多来源于只类及动物的组织或细胞，这些材料在取得可溶性蛋白质之前，必须先进行处理，以适合于进一步纯化。

1.组织细胞抗原的制备：所用组织必须是新鲜的或低温（＜－40℃）保存的。器官或组织得到后立即去除表面的包膜或结缔组织以及一些大血管。如有条件，脏器应进行灌注，除去血管内残留的血液。处理好的组织用0.05/NaN3生理盐水洗去血迹及污染物。将洗净的组织剪成小块，进行粉碎。粉碎的方法有两类：①高速组捣碎机法。操作时，将组织加盐水（约1/2）装入捣碎机筒内，用高速（约1000r/min）间断进行，每次30～60s，时间过长会产热。②研磨法。可用玻璃匀浆器或乳钵研磨。玻璃匀浆器是由一内壁经过磨砂的玻璃管和一根一端为圆柱状（表面亦经磨砂）的磨杆组成，主要经过旋转、压挤将组织粉粹。研磨法可用于韧性较大听组织，如皮肤、空腔器官等。为了更有效地磨碎组织，有时在研磨时加入淘洗过的海砂。组织匀浆通过2000～3000r/min离心10min后分成两个部分：沉淀物含有大量的组织细胞和碎片；上清液作为提取可溶性抗原的材料，提取前还要通过1000～2000r/min20～30min的高速离心，以除去微小的细胞碎片，此时上清液应澄清。

2.组织细胞或培养细胞可溶性抗原的制备：制备抗原用的细胞包括正常细胞、病理细胞（如肿瘤细胞）或传代细胞。组织细胞的制备一般通过上述机械破碎后取得。或通过酶消化，所用的酶大多为胃蛋白酶或胰酶。通过酶解将细胞间质蛋白消化，获得游离的单个细胞。细胞抗原一般分为三个组分：膜蛋白抗原、细胞浆抗原（主要为细胞器）和细胞核及核膜抗原。三种抗原的制备皆需将细胞破碎，方法有如下几种。

（1）反复冻融法：将待破碎的细胞（有时为整块组织）置－20冰箱内冻结，然后缓慢地融化。如此反复2次，大部分组织细胞及细胞内的颗粒可被融破。

（2）冷热交替法：在细菌或病毒中提取蛋白质及核酸时可用此法。操作时，将材料投入沸水浴中，90℃左右维持数分钟，立即置于冰浴中使之迅速冷却，绝大部分细胞被破坏。

（3）超声破碎法：对微生物和组织细胞多用此法。处理效果与样品浓度和使用频率有关。一般组织细胞皆易破碎，而细菌，尤其是真菌的厚膜孢子则较难打破。超声波所使用的频率从1～20kHz不等。同样要间歇进行，因长时间超声也会产热，易导致抗原破坏。一次超声1～2min，总时间为10～15min.

（4）自溶法：利用组织和微生物的自身酶系，在一定的pH和温度下，使其细胞裂解。自溶的温度，对动物组织细胞常选0～4℃，而对微生物常选室温。自溶时常需加入少量防腐剂，如甲苯或氯仿等，NaN3不宜使用，因其能抑制酶的活力。