真菌病的诊断相当困难，因真菌病多为继发感染，临床上的症状及体征常为原发病的表现。取痰或分泌物做涂片或培养，查到的真菌未必是致病菌。病人在同时或先后常夹杂细菌病毒等感染，临床表现复杂，易误诊或漏诊。须结合临床有关材料，主要是具有“机会感染”因素的病人，如长期大量使用广谱抗生素、免疫抑制剂、抗癌药等。痰、胸腔积液、脓中找到真菌孢子和（或）菌丝，及抗原皮肤试验，血清学检查有助于证实诊断。

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