自体免疫性疾病可分为二大类

　　（一）器官特异性自身免疫病

　　组织器官的病理损害和功能障碍仅限于抗体或致敏淋巴细胞所针对的某一器官。主要有慢性淋巴性甲状腺炎、甲状腺功能亢进、胰岛素依赖型糖尿病、重症肌无力、慢性溃疡性结肠炎、恶性贫血伴慢性萎缩性胃炎、肺出血肾炎综合征（goodpasture syndrome）、寻常天皰疮、类天皰疮、原发性胆汁性肝硬变、多发性脑脊髓硬化症、急性特发性多神经炎等，其中常见者将分别于各系统疾病中叙述。

　　（二）系统性自身免疫病

　　由于抗原抗体复合物广泛沉积于血管壁等原因导致全身多器官损害，称系统性自身疫病。习惯上又称之为胶原病或结缔组织病，这是由于免疫损伤导致血管壁及间质的纤维素样坏死性炎及随后产生多器官的胶原纤维增生所致。事实上无论从超微结构及生化代谢看，胶原纤维大多并无原发性改变。　

　　常见的自体（自身）免疫病有：类风湿、红斑狼疮、干燥综合征、类风湿性关节炎、硬皮病、皮肌炎、多肌炎（多发性肌炎）、结节性多动脉炎、成人斯帝尔（still）、嗜酸性筋膜炎、白塞氏病（白塞氏综合症）、脂膜炎、红皮病、肺间质纤维化、Wegener肉芽肿病等等。