A、仅指从设计-制造-储存-运输-安装到调试，包括所有阶段的总承包合同
B、可以是从设计-制造-储存-运输-安装到调试，包括所有阶段的总承包合同
C、也可以是从设计-制造-储存-运输-安装到调试各阶段的独立合同
D、不包括从设计-制造-储存-运输-安装到调试各阶段的独立合同
E、主要是指设计-制造-安装阶段的承包合同

答案：B、C.