在人类种系发生和演化过程中，随着食物种类的变化，咀嚼器官发生退化，造成颌骨长度与牙列所需长度的不协调。下颌第三磨牙是牙列中最后萌出的牙，因萌出位置不足，可导致程度不同的阻生。阻生第三磨牙及第三磨牙萌出过程中，牙冠可部分或全部为龈瓣覆盖，龈瓣与牙冠之间形成较深的盲袋，食物及细菌极易嵌塞于盲袋内，加之冠部牙龈因咀嚼食物而易损伤，形成溃疡。当全身抵抗力下降、局部细菌毒力增强时可引起冠周炎的急性发作，因此智牙冠周炎主要发生在18～30岁第三磨牙萌出期的年轻人和伴有萌出不全的阻生第三磨牙的患者。