胃肠道反应是常见副作用，如厌食、呃逆、恶心和呕吐等。其次为中枢性神经系统反应，如头痛、头晕、困倦、嗜睡、欣快、呃逆等。对于有精神病史的患者可引起精神行为异常，表现为焦虑、抑郁、短暂的意识丧失、攻击行为、多动、精神不集中和幻听等。偶见嗜酸性粒细胞增多症或粒细胞缺乏症，严重者发生再生障碍性贫血，故用药期间应勤查血象。此外，乙琥胺本身也可加重癫痫发作，可使部分失神性发作患者转为大发作。由于失神发作常伴有大发作，此时应与抗癫痫大发作药物合用，可先服用苯巴比妥2——3周后，找出适宜剂量后再加用乙琥胺。