龈下菌斑位于龈缘以下的牙菌斑。分布在龈沟或牙周袋内。可分为以下两部分：

　　1.附着性菌斑

　　龈缘以下附着于牙根面的龈下菌斑，由龈上菌斑延伸到牙周袋内。其结构、成分与酿上菌斑相似，细菌种类增多，主要为革兰阳性球菌及杆菌、丝状菌，还可见少量革兰阴性短杆菌和螺旋体等。它与龈下牙石的形成、根面龋、根面吸收及牙周炎有关。

　　2.非附着性菌斑

　　龈缘以下位于附着性龈下菌斑的表面或直接与龈沟上皮、袋内上皮接触的龈下菌斑，为结构较松散的菌群，主要为革兰阴性厌氧菌，如牙龈卟啉单胞菌、福赛坦菌和具核梭杆菌等，还包括许多能动菌和螺旋体。在牙周炎快速进展时，非附着龈下菌斑明显增多，毒力增强，与牙槽骨的快速破坏有关，与牙周炎的发生发展关系密切，被认为是牙周炎的“进展前沿”。