隔离好的患牙，可选用适宜的药物进行窝洞消毒，对消毒药物的要求是消毒力强，刺激性小，渗透性小，不使牙体组织变色。常用的消毒药有25%麝香草酚酒精溶液、樟脑酚及75%乙醇等。从目前使用的药物来看，任何一种不产生牙髓反应的短暂的局部处理不可能有效地消除牙本质小管内的感染。另外窝洞无菌状态的维持取决于充填材料对窝洞的完全的封闭。近期研究表明，较大比例的未做窝洞消毒处理的牙体修复未产生继发龋。故多数学者主张与继发龋出现有关因素包括腐质的去净、窝洞的清洗、用粘结剂封闭窝洞壁以减少微渗漏以及含氟充填材料的使用等。