流行病学研究按照其性质可分为观察法、实验法及理论研究等。观察法就是研究者从描述性流行病学方法发展到分析性与实验性流行病学方法的应用。没有控制暴露的能力，尽管能控制混淆因素，但不能随机分配暴露，只能客观收集人群有关暴露或疾病资料，评价暴露与疾病的联系。这种方法是流行病学研究的主要方法，如描述性流行病学、分析性流行病学。实验法与观察法不同，实验者具有控制实验条件的能力，并能控制其他混淆因素评价暴露与疾病的联系。这种方法中有实验流行病学等，理论研究是对疾病的病因、宿主和环境之间的联系所做的假设得到了反复验证之后，用数学公式阐明疾病流行的规律，提出数学模型，用于研究预防措施的成本效益和流行病学预测。