矩阵的三种不同形式并不一定都具有上述优缺点：项目矩阵可能会提高项目的整合度，减少内部权力斗争。不好的是职能领域对其控制力较弱，容易出现“项目炎症”；职能矩阵能提供一个更好的系统来管理项目之间的冲突，问题在于职能控制的维持是以低效的项目整合为代价的；平衡矩阵能够更好地实现技术与项目要求之间的平衡，但它的建立与管理是很微妙的，很可能会遇到与矩阵组织有关的很多问题。
二、选择合适的项目管理结构
1．选择能够平衡项目与母体组织需要的组织结构。
大多数人会认为组织项目的最简单、最有效的方式是创建一个全日制的专业项目团队，但这样可能会同时损害其他的组织活动，引发母体组织与项目团队成员之间的嫉妒心，妨碍了项目成员返回母公司时的融合，容易产生“项目炎症”，依靠它来完成项目就会对母体组织造成不利影响，因此无论选择什么样的组织结构，首先要考虑到能平衡项目与母体组织需要，使权威性、资源分配及项目成果能与主流运营业务完全融合。
2．选择与组织文化相融合的组织结构。
组织文化指的是一个由共同的规范、信仰、价值观及假设将人们联系到一起，因此对事物产生共同理解的系统。文化反映了组织的个性，与人的个性一样，文化能使我们预测组织成员的态度和行为，文化还是组织定义的一个方面，它能将某个组织与同一行业内的其他组织区分开来。
在项目管理结构、组织文化及成功的项目管理之间有很强的关系，我们可以用一个比喻来描述组织文化与项目管理之间的关系，就是水与舟。文化是水，项目是舟。在组织文化有益于项目管理的组织中，组织与完成项目就如顺水推舟，只需掌舵就可以了，这种环境中团队工作和跨职能合作是一种风气，完成项目不需要太多的正式的权力及资源投入，组织文化有利于项目的完成，较弱的项目管理结构可能会有效；反之，如果组织中主流文化的几种重要特征妨碍有效的项目管理，在这样的组织中完成项目类似逆水行舟，为达到目的地，必须花费更多的时间和努力，这种情况创建一个专业的项目团队，将项目团队与主流文化隔离开来，这样的做法值得一试。如果因为资源的约束问题，不可能建立专业项目团队，那至少也应该用一下项目矩阵，其中项目经理对项目有绝对的控制权。 |
