事项(二)不合法之处

　　(1)抵押合同约定将生产设备归B银行所有的约定不合法。根据规定，抵押权人在债务履行期届满前，不得与抵押人约定债务人不履行到期债务时抵押财产归债权人所有。本题中，A公司与B银行约定A公司到期不能偿还借款，该生产设备归B银行所有是不合法的。

　　(2)A公司与B银行的抵押未办理登记不符合法律规定。根据《担保法》的规定，以企业的设备和其他动产抵押的，应当办理抵押登记，办理抵押登记的部门为财产所在地的工商行政管理部门。本题中，由于A公司与B银行的抵押未办理登记，因此不符合法律规定。

　　事项(三)不合法之处

　　(1)向原股东配售5000万元的数额不符合规定。根据规定，上市公司向原股东配售股份的，拟配售股份数量不超过本次配售前股本总额的30%。本题中，上市公司配售前注册资本为1亿元(股本总额)，其30%是3000万元，因此向原股东配售5000万元的数额不符合规定。

　　(2)持有 21%股份的股东赞成即通过该决议的方式不合法。根据规定，股份有限公司增加注册资本的决议时，应经过出席会议的股东所持表决权的2/3以上通过，本题中，亲自出席会议股东和代理出席会议的股东所持表决权共5000万股(40%+10%)，特别决议通过的比例是3333.33万股以上，而实际表决时仅有持31%(10%+21%)股份的股东投了赞成票，10000×31%=3100万股，低于该法定金额，因此该决议事项是不能通过的。

　　 (3)公司2009年购买W合作项目所需的重要生产设备的决议通过不合法。根据规定，上市公司1年内购买、出售重大资产或者担保金额超过公司资产总额 30%的，应当由股东大会作出决议，并经出席会议的股东所持表决权的2/3以上通过。本题中，该购买资产的总额已经超过了公司资产总值2亿元的30%，因此应该经股东大会特别决议方式通过，但该事项通过的股东仅为15%(10000×15%=1500万股)，未达到出席会议股东所持表决权的2/3，因此是不能通过的。