ApoAⅣ生理功能目前尚不完全清楚，据推测ApoAⅣ在胆固醇逆向转运过程中起着重要作用。体外的ApoAⅣ可以促进LCAT的胆固醇酯化反应，并认为是LCAT的激活剂。ApoAⅣ由肝和小肠合成，并有五种多态型。
（二）Apob族
体外实验表明，ApoB是难溶于水的蛋白质。目前所知，ApoB族可分为两个亚类，即ApoB48和ApoB100。ApoB主要成分是B100，其次为B48，其它形式的如ApoB75、ApoB41、ApoB36等均为ApoB100的不同降解产物。
1.ApoB100ApoB是单链糖蛋白，分子量为51ku，主要在肝，少数在小肠合成。ApoB100由4536个氨基酸残基组成。包括27个（或24）氨基酸信号肽和4536个氨基酸残基的成熟单体蛋白。1986年ApoB100的全部氨基酸残基排列顺序及结构已经阐明。当年已测出ApoB100的cDNA序列，ApoB100分子中含有25个Cys残基。其中有11个Cys残基集中分布在前面500氨基酸组成区域，形成链内二硫键，所以N端高度交联成典型球形结构。Cys残基通过硫酯键与软脂酸、硬脂酸相结合，使ApoB牢固地连接着脂质成分。ApoB100中，对脂类结合十分必要的区域结构在203-2506和4002-4527氨基酸残基之间。两个结构区域重复出现两性亲脂α-螺旋区段；另有一种结合脂质的重要结构是含疏水和亲水性氨基酸交替排列的两性亲脂β-折叠结构。这种结构分布在整个分子序列中，但集中于四个富含脯氨酸区，这种富含脯氨酸的重复序列是ApoB所特有的，使ApoB能够将磷脂侧链深埋其间并使之紧密结合。由于ApoB的两性α-螺旋和富含脯氨酸的疏水肽以及可被脂酰化的Cys残基形成的特殊结构，在VLDL和LDL从分泌到被清除的整个过程中，使α-螺旋能够与单层极性脂牢固地结合，从而使其不在脂蛋白分子间转换，这是与其他载脂蛋白不同之处。
ApoB100的生理功能有：①合成装配和分泌富含甘油三酯的VLDL；②是LDL的结构蛋白。③LDL受体的配体，并可调节LDL从血浆中的清除速率。
