及时隔离治疗患者，同时提高医院内的消毒水平以及症疗操作的规范和安全，能够切实降低铜绿假单胞菌的院内感染水平。

在治疗方面，若感染位于外表而且局限，可用1%醋酸冲洗或局部应用多粘菌素B或多粘菌素E，即可奏效。坏死组织必须扩清，而脓肿则必须引流。

若需肠外给药治疗，用妥布霉素或庆大霉素5mg/（kg.d）分剂给予，可治愈大多数铜绿假单胞菌性尿路感染。根据临床反应，可将剂量减少到3mg/（kg.d）以尽量减少副作用。肾功能不全者的剂量必须减少。对酶介导耐妥布霉素和庆大霉素的铜绿假单胞菌应该用丁胺卡那霉素。很多专家主张治疗严重铜绿假单胞菌感染可用氨基糖苷类再加一种抗假单胞菌的β-内酰胺。几种青霉素，包括替卡西林，哌拉西林，美洛西林和阿洛西林对铜绿假单胞菌也有效。其他有良效的药还有头孢他定，头孢平，氨曲南，亚胺培南，美罗匹宁和环丙沙星。替卡西林最为常用，其剂量为16～20g/d，静脉注射。哌拉西林，阿洛西林，头孢平，头孢他定，美罗匹宁和亚胺培南体外试验对某些耐替卡西林菌株有效。

对全身性感染或粒细胞缺乏的病人，应该用一种对铜绿假单胞菌有效的氨基糖苷与一种抗假单胞菌青霉素合用。对嗜中性白细胞减少并且肾功能处于边缘状态的病人，可用非氨基糖苷类联合疗法，例如双重β-内酰胺或β-内酰胺加一种氟喹诺酮，也是安全的。尿路感染常可用羧茚苄青霉素或环丙沙星或其他氟喹诺酮类药物治疗。但氟喹诺酮类不应该用于儿童，因为该药对软骨有不良作用。两种抗假单胞菌药物合用时，在治疗过程中出现耐药菌株的机会明显减少。