1.器官移植：HLA配型的作用为：①在肾移植中，供受双方共有的DR抗原越多，或已检出的DR错配抗原数越少，移植存活率就越高。②在移植前输血的患者中，DR配型能提高存活率。③骨髓移植前不宜输血，以防受体被免疫。心、肝、肺等器官的移植，多用于生命垂危的患者，主要要求AB0血型相同。

　　2.输血： 成分输血疗法时，如HLA同型血液，则能提高疗效。临床输血的发热反应中，有些是由HLA抗体引起，尤其是多次输血的患者，HLA抗体可以破坏白细胞，为避免HLA引起输血反应，可在输血前做交叉淋巴细胞毒试验。在70%的非溶血性输血反应是发热反应，一般认为是白细胞被HLA抗体破坏后释放致热原物质所致。可先将白细胞过滤后再输血。

　　3.亲子鉴定：由于HLA系统的高度多态性，使HLA成为亲子鉴定中的一个有力工具，具有重要法医学意义。

　　4.疾病诊断：发现许多疾病与HLA有关，例如强直性脊椎炎患者91%带有B27抗原，而正常人带B27抗原者只占6.6%。但目前大多数疾病的HLA分型意义有限。