⑵工程不仅要在有明显河道的地方设立倒虹工程，也要在漫流性质的地表径流处多建涵洞立交，以保证下方对生态用水的需求。

　　⑶对将占用林地的施工用地，尽量进行适当调整，避免或者减轻破坏森林植被。

　　⑷在工程施工中，应加强管理，限定施工区域，不准擅自扩大临时占地，避免人为对地表植被的破坏，选择合理施工场地，尽量在现有村庄安排生活，尽量减少工程占地和地表植被的损失面积。

　　⑸凡施工可能造成林灌草地破碎化和岛屿化的地方，应进行生态学设计，如减少破碎化程度的设计，岛屿之间的生物通道设计。

　　⑹沿线安排的取、弃土场，要合理选址，保留表层土壤，并用于施工后的表层复土(复土厚度一般不小于0.4m)，这样可以尽早恢复植被和维护沿线的景观，从而控制水土流失。

　　⑺为消减施工人员对植被和土壤的影响，要标明施工活动区，严令禁止到非施工区域活动，非施工区严禁烟火、狩猎。

　　⑻输水干线由于围湖造田、围湖养殖以及滩地种植的影响，沿线湖泊的岸边湿生带面积都受到不同程度的影响，特别是南四湖区所受影响最为严重，因此运行期应结合调水水质保护、湿地自然保护区的保护和恢复、工程移民安置和地区产业结构的调整，尽量恢复湖泊湿生带面积，严格控制人为干扰，以补偿因工程施工和运行所造成的湖泊生物量损失。

　　⑼通过制定科学的水工程调度方案，合理控制湖泊水位，调节、保障岸边湿生带的水生植被生长环境，以补偿因水位抬高所造成的部分维管束植物的损失。

　　⑽结合输水河道水质保护、严格禁止输水河道中的养殖和捕捞，可在一定程度上补偿因工程施工所造成的生态影响。

　　⑾通过弃土区复耕，中水回灌和水土保持措施的实施，可在一定程度上补偿工程施工对陆域植被的损失量。