化妆品受微生物污染除可引起化妆品腐败变质外，还可对使用者健康带来不良影响。这是当前化妆品卫生质量的主要问题之一。

　　化妆品生产过程中使用的原料、容器和制作过程都可受微生物污染，尤其是冷却灌装过程易受污染。化妆品的各种原料，尤其是天然动植物成分、矿产粉剂、色素、离子交换水等原料更易受微生物污染。其中，加入各种氨基酸、蛋白质或滋补品的营养型化妆品更有利于微生物的生长繁殖。

　　由于化妆品停留在人体皮肤、毛发、粘膜、眉眼部和口唇等部位时间较长，所含微生物特别是致病菌，可从与人体接触的部位进人体内，引起感染，有时甚至是致命性的。从各种化妆品中检出的微生物包括粪大肠杆菌、绿脓杆菌、金黄色葡萄球菌、腊样芽孢杆菌、凝结芽孢杆菌、克雷伯菌、沙雷菌、荧光假单胞菌、枯草杆菌、类白喉杆菌以及其他革兰阳性球菌。有的还可发生霉菌污染如交链孢霉菌属、芽枝霉属、青霉属、曲霉属、毛霉属、根霉属等。使用这些受污染的化妆品时，会引起皮肤的感染化脓。特别是被绿脓杆菌污染的化妆品误入眼内，可引起角膜化脓性溃疡，病情严重，发展迅速，1～2天可使角膜大片坏死，角膜穿孔，严重病例会进一步发展成全眼球膜炎。被微生物污染的眼线膏、睫毛油可引起慢性结膜炎和眼睑炎。霉菌污染的化妆品可引起皮肤癣。