反映健康效应的指标很多。近年来国内外的相关基础学科发展很快，测定方法很多。但所选指标应尽量简便易行，方便受检查，以适应现场受检人数多、工作量大的特点，难度大的指标较难保证质量。
1）疾病资料：收集与大气污染有关的疾病资料，例如肺癌死亡率、支气管炎患病率、肺心病发病率等。除收集现有资料外，还可进行临床体检（咽炎、扁桃腺炎、喉炎、结膜炎、肺部疾患等等）和询问自觉症状，开展流行病学调查。
2）儿童生长发育资料：包括体格发育和智力发育。最常用的指标有身高、体重、胸围、智商等。儿童的生长发育还与年龄、性别、营养状况、文化素质、遗传等因素有关。因此，在确定对照人群时，一定要严格保证暴露人群和对照人群的背景情况相同，以保证两组资料的可比性。
3）生化和生理功能指标：可以反映某些代谢酶的活性、代谢产物的生成种类和含量、代谢动力学特征等。反映生理功能最常用的是肺功能测定。尤其是反映出小气道阻力的增加的FVC（用力肺活量）、FEV1（第一秒用力呼气量、FEVl％）（1秒率＝FEVl／FVC）、MEFR（最大呼气流速）、MMEF（用力呼气中段流速）等。此外，还可测定脑电图、肌电图、心电图等指标以及神经行为学指标。
4）免疫指标：常用有唾液溶菌酶、唾液SIgA（分泌型免疫球蛋白A）、血清免疫球蛋白（1gG、IgM、IgA）、血清补体C3等含量测定，T淋巴细胞转化试验，植物血凝素（PHA），皮肤碱抗力等指标。
5）人体的遗传毒性试验：常用外周血淋巴细胞染色体畸变试验、周淋巴细胞SCE（姊妹染色单体交换）试验、尿液Ames试验等。必要时可鉴定外周血淋巴细胞染色体核型。
