发生洪涝灾害时，洪水淹没厕所、粪坑、垃圾堆和牲畜棚圈、使大量人畜粪便、动物尸体等进入水中，造成有机物浓度急剧增加，微生物污染严重。某些存放农药、化肥及有毒化学品的仓库受淹或工业废弃物被雨水淋冲，均可使有毒物质溶于水中。此外，洪涝灾害时，泥沙及杂物随洪水冲入河流。这些均可导致分散式或集中式给水水源的水质感官性状恶化、生物性和化学性污染严重。为保护灾民身体健康，必须采取应急措施，防止介水传染病的发生和流行及其他中毒事故的发生。

　　受灾期间除水井被淹、饮水遭受严重的生物性污染外，灾民居住拥挤，环境卫生条件差，随地便溺，苍蝇孳生，老鼠随人迁移，又加重了饮水被污染的程度和疾病传播流行的可能性。此外，在发生灾害的特殊情况下，人群抵抗力降低，对感染各种介水传染病的敏感性增高，故必须强化饮水净化消毒意识和措施。对水质较差的水源应先沉淀澄清后，再经混凝沉淀，加氯消毒等处理措施方可饮用。为保证水质质量，应对处理后的水进行一些快速简易检验，如根据嗅觉感觉可大致判定水中余氯含量。在灾民中倡导不喝生水。

　　采用可移动的水质净化设施，建立临时小型水厂，临时应急供水。当灾区饮水遭受严重生物性和化学性污染时，或供水设施受破坏时，无法供应安全饮水，此时应从外地运进安全卫生的饮用水。