二是住房保障职能与房屋管理职能放在一起。我国城市房屋范围广泛，包括工业、商业用房和住宅等，住宅包含保障性住房和商品房。所以将全部房屋纳入一个体系管理，有利于整体规划、各类房屋资源的合理配置，有利于市场的规范和保障性住房的分配。此外，保障性住房与商品房在建设程序、工程管理、节能环保等方面的要求是一致的，由一个部门集中管理是科学的。
２．“房屋＋国土”模式
采用“房屋＋国土”模式的直辖市是天津和重庆。
天津市经过２００１、２００５年的两次机构调整，目前，国土资源和房屋管理局是天津市房地产市场管理的主要机构。此外，天津市建设委员会还有一部分房地产管理职能，如综合协调房地产行业管理的有关工作，负责房地产开发企业资质的审批，组织拟定房地产业相关的法规和实施细则等。
重庆市在２０００年机构改革中，将原建委的部分职能划到规划、土地、环保、经贸等部门。目前，重庆市建委主要管理住房建设（含安居工程、经济适用房），而土地管理、住房制度改革、廉租住房等方面的职能被划到国土资源和房屋管理局，形成了一个城市、一个行业、一个市场分别由两个政府部门管理的现状，给住房政策的衔接、住房规划与行业发展目标的制定及国家宏观调控政策的落实都带来了困难。
北京市和上海市都从“房地合一”到“房地分离”的改革历程说明房地合一的管理模式有较大缺陷：首先，权利过于集中、缺乏制约和监督，与中央将土地与房屋管理的职能分开、实行土地垂直管理的行政机构调整方向不一致；其次，土地仅仅是房屋产生、保有、使用的一个环节，更多的是城市建委承担的在土地进入市场后的有关房屋建设和管理工作，将房屋建设管理工作割裂开来由两个部门共同承担，职能交叉，反而容易出现责任不明。
一是加大了房地产市场监督管理难度。由于房地产开发建设管理由建委负责，而房地产销售交易、权属和物业管理由国土资源和房屋管理局负责，这种对同一管理对象（房屋）分不同环节加以监管的划分职能方式，不利于贯彻国家有关房地产市场调控政策，也不利于整顿规范房地产市场秩序。
二是不利于贯彻落实住房保障工作。重庆市经济适用住房和廉租住房等保障住房的建设和管理分别由市建委和市国土资源和房屋管理局负责。实践中出现了在贯彻执行国务院及住房和城乡建设部的政策规定方面，不同部门以各自为标准，强调自身职能，分头执行，不能形成合力，更谈不上建立完善的分层次住房保障体系。
三是难以编制和实施住房发展规划和保障性住房规划。根据目前职能分工，重庆市建委负责编制城镇住房（含商品房、经济适用房）建设和城市建设综合开发的中长期计划和年度计划，市国土资源和房屋管理局负责住房制度改革以及全市廉租住房的管理。由于商品房、经济适用住房和廉租住房发展规划由两个部门分别编制，很难按照统筹兼顾的原则，协调各类住房之间合理的比例关系。即使有关规划编制出来，由于部门分头执行，缺乏协调，也很难取得较好的实施效果。
四是不利于房屋产权、产籍和档案管理。目前房屋工程建设管理和产权登记工作分别由重庆市建委和市国土资源和房屋管理局实施。由于建筑工程管理和产权登记信息不对称，往往导致因手续不完善而无法及时办理产权证书，社会反映较大。
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