此外，国家制定的有关法律、行政法规中直接对组织事故调查的主体作出了特殊规定，即由法定政府部门直接组织一些特殊事故的调查。也就是说，按照现行法律规定，有关人民政府是事故调查的一般主体，法律授权部门是事故调查主体中的特殊主体。所以，《条例》第四十五条规定：“特别重大事故以下等级的事故的报告和调查处理，有关法律、行政法规或者国务院另有规定的，依照其规定。”该条规定在明确特别重大事故国家调查权的前提下，允许由特别法授权的政府部门直接组织特殊事故的调查。目前，对法律授权部门直接组织事故调查有明确规定的，主要有《海上交通安全法》、《海上交通事故调查处理条例》、《铁路交通事故应急救援和调查处理条例》、《煤矿安全监察条例》等。法律、行政法规授权有关部门负责组织事故调查的，也要依靠有关地方人民政府的支持和配合。

　　必须指出，由法律授权部门直接组织事故调查，是政府领导、分级负责组织事故调查的一种特殊形式。法律授权部门也要在本级人民政府领导下开展事故调查。不论是政府授权或者委托组织事故调查的部门，还是法律、行政法规授权直接组织事故调查的部门，都必须接受有关人民政府的领导，而不能各行其是。即便是法律授权部门所提交的事故调查报告和作出的事故批复，也要征求事故发生地有关地方人民政府的意见，并报本级人民政府同意。